Jonathan Carroll przyszedł na świat w Nowym Jorku w rodzinie żydowskiej. Jego ojciec, Sidney Carroll, był pisarzem i scenarzystą filmowym. Matka, June Carroll, była autorką teksów piosenek, reżyserką i aktorką. Pisarz wraz ze swoja siostrą i bratem wychowywał się w środowisku artystycznym. Carroll nie podzielał artystycznych pasji rodziców i ich przyjaciół.

Państwo Carroll wraz z dziećmi mieszkali w Dobbs Ferry w stanie Nowy Jork. Miasteczko to stało się pierwowzorem Crane’s View z późniejszych powieści pisarza. Jonathan w szkole nie był pilnym uczniem, często miał również kłopoty z prawem. Wielokrotnie wyrzucano go ze szkół powszechnych, aż w końcu rodzice wysłali go do prywatnej szkoły męskiej z internatem, słynnej z surowej dyscypliny. Czytanie nie było lubianym przez niego zajęciem w młodości. Pierwszą książkę przeczytał tylko dlatego, że dostał za to od brata dolara (były to Myszy i ludzie J. Steinbecka)[1]. Dopiero w wieku piętnastu lat, zaczął się interesować książkami[2]. Po szkole rozpoczął studia na Rutgers University i University of Virginia. Zaraz po ich skończeniu podjął pracę jako nauczyciel angielskiego. W 1971 r. poślubił malarkę i artystkę Beverly Schreiner. W 1980 r. urodził im się syn, Ryder Pierce Carroll.

W 1973 roku zaproponowano mu etat wykładowcy w Międzynarodowej Szkole Amerykańskiej w Wiedniu. Tam też osiadł na stałe i mieszka do dzisiaj. Wiedeń stał się miejscem akcji wielu jego powieści.

Pierwszą swoją powieść Carroll stworzył w wieku dwudziestu lat. Nigdy nie została jednak opublikowana. Swoje pierwsze „dorosłe” powieści napisał dopiero wtedy, gdy pracował jako nauczyciel.

Nikt jednak nie był zainteresowany ich wydaniem, gdyż były jakby pomieszaniem gatunkowym. Styl Carrolla porównują niektórzy ze stylem przedstawicieli realizmu magicznego. Świat przedstawiony w jego książkach pozornie jest światem realistycznym, bliskim każdemu czytelnikowi. W miarę rozwoju fabuły pojawiają się osoby z zaświatów, elementy magii, zwierzęta mówiące ludzkim głosem itp. To właśnie nie podobało się wydawcom. Jego pierwsza powieść Kraina Chichów ukazała się dopiero po rekomendacji Stanisława Lema w 1980 r. Carroll uczył wtedy języka angielskiego syna polskiego pisarza, Tomasza. W 1974 ukazało się jego opowiadanie Hand-Me-Downs. Następnie ukazały się kolejne: Impreza u Brendy i Pokój Jane Fondy.

Elementem charakterystycznym w jego twórczości jest to, że wiele ze stworzonych przez niego postaci występuje w kilku książkach. Najczęściej bohater epizodyczny staje się w innej powieści bohaterem pierwszoplanowym i na odwrót. Szczególny przypadek stanowi tu trylogia Crane’s View obejmująca Całując ul, Zaślubiny patyków i Drewniane morze.

Do tej pory napisał 13 powieści (wszystkie opublikowano w Polsce). Wydał dodatkowo 4 zbiory opowiadań (Upiorna dłoń, Czarny koktajl i inne opowiadania, Cylinder Heidelberga, Kobieta, która wyszła za chmurę) oraz scenariusz filmowy Durne serce. Ponadto publikował swoje opowiadania m.in. w „Cosmopolitan” i „Playboyu”. W roku 2006 ukazał się przetłumaczony ze strony internetowej blog autora, wydany tylko w Polsce Oko dnia.